世界上一些國家，不會承認接種混合疫苗為已完全接種疫苗，這可能會給數百萬名本國打了混合疫苗的國民帶來問題。
美國是其中一個，不批准混合使用疫苗的國家。美國疾病控制中心表示，尚未有足夠研究可令美國接受兩種不同的疫苗，安全性和有效性仍然是問題。不過他們表示，在特別性況下，可接受輝瑞及漠得納這兩種 mRNA 疫苗混合使用。
有關特殊情況是例如是第一劑的疫苗不再可使用時，可容許用另一隻代替。
阿斯利康方面，有些加勒比海渡假勝地的國家只允許混合使用阿斯利康及輝瑞的遊客跳過隔離，並不接受阿斯利康混合漠德納等任何其他組合。
昨日有報導指，安省一名打完兩針混合疫苗的男子，準備前住加勒比海出席親人喪禮，不過因為當地不接受混合疫苗，被迫原機遣返加拿大。
郵輪方面，Norwegian 郵輪公司並不承認任何混合疫苗，另外其他幾家郵輪公司，就不承認混合阿斯利康及 mRNA 疫苗。
聯邦衞生部本月初表示，全國約有130萬人接受混合疫苗。 一些省份早在 4 月份就開始混合來自 輝瑞及漠德納兩種 mRNA 疫苗，主要視乎供應情況，特別在 6 月第三個星期輝瑞出現延遲供貨時候，許多省份轉向用漠德納代替。
另外在6月初，因為傳出阿斯利康疫苗副作用問題，有省分開始混合 mRNA 與阿斯利康疫苗。
不過世界衛生組織在7月初，向各國發出警告，指現時並沒有足夠數據支持公眾使用不同藥廠的疫苗，又指這是危險的趨勢，並警告這可能會做成混亂局面。
世衞的有關立場，與加拿大國家免疫諮詢委員會及各省現時的指引，容許混合疫苗不同。
